El Colegio Jaime Molina Mota fue fundado el 7 de septiembre de 1973 por la profesora Antonia Molina María. Con su nombre, la institución rinde homenaje al destacado maestro Jaime Molina Mota, padre de la fundadora y abuelo de los ahora directores, Sonia Molina, directora académica y Héctor Molina, director administrativo. Al inicio, Antonia Molina, la directora fundadora, desempeñaba todas las funciones.

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A partir de 2006 la directora Antonia Molina inicia una salida paulatina del centro, para ir delegando en su sobrina, Sonia Molina, las funciones de dirección académica. Para el 2007, se consolida el Equipo de Gestión con una visión más estratégica e institucional. 

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En 1998 se inaugura el nuevo local del colegio, en una primera etapa de construcción de 2 niveles, incluyendo: 12 aulas, 1 salón de proyecciones, 1 salón de informática y 3 oficinas. La segunda etapa de construcción se concluye para el 2001 con un 2do edificio de un nivel. En 2008, se concluye la tercera etapa de construcción: un segundo nivel del segundo edificio que incluye auditorio y aulas adicionales para disponer de otros espacios. 

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A la fecha, hemos entregado a la sociedad más de 700 bachilleres. 

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Asumiendo la responsabilidad de continuar creciendo y transformándose, en diciembre del 2020 se proyecta el inicio de un nuevo plan estratégico durante el año 2021 en conjunto con la revisión y elaboración del Proyecto Educativo de Centro y la planificación de la construcción del Proyecto Curricular de centro, formando parte del Plan Estratégico JMM 2021-2025.